Παρά τη θεραπεία τα κονδυλώματα μπορούν να επανεμφανιστούν σε σύντομο χρονικό διάστημα σε γειτονικές ή πιο απομακρυσμένες περιοχές προκαλώντας διαφορετικής συχνότητας υποτροπές.
Το εάν θα υπάρξει υποτροπή ύστερα από τη θεραπεία εξαρτάται από πολλούς παράγοντες όπως η θεραπευτική αντιμετώπιση, η έκταση της μόλυνσης, ο τύπος του ιού, η εξαίρεση της βλάβης επί υγειών ορίων, η άμυνα του οργανισμού, ο τρόπος ζωής, το κάπνισμα, λοιμώδεις παθήσεις ή παθήσεις του ανοσοποιητικού.
Η θεραπεία των κονδυλωμάτων με υπερπαλμικό laser CO2 ενδείκνυται ιδιαίτερα για την αντιμετώπιση κονδυλωμάτων στην περιπρωκτική περιοχή, στα ενδοπρωκτικά κονδυλώματα ,στα κονδυλώματα πέους,οσχέου,μηρογενητικών πτυχών και εφηβαίου.Επίσης στη βάλανο του πεους και με μεγάλη επιτυχία στα ενδοουρηθρικά κονδυλώματα του έξω στομίου της ουρήθρας του άνδρα.Προσέτι το υπερπαλμικό LASER διοξειδίου Sharplan έχει απόλυτη επιτυχία και εφαρμογή στα έξω γεννητικά όργανα της γυναλικας όπως είναι το αιδοίο,η κλειτορίς, τα έξω και έσω γεννητικά και ο κόλπος.Απόλυτη εφαρμογή και επιτυχία έχει επίσης στην περιοχή του πρώκτου της γυναίκας καθώς και στα ενδοπρωκτικά κατόπιν πρωκτοσκόπισης.